市工商业联合会设9个内设机构:
（一）办公室（研究室） 电话：51015800
负责机关日常运转，承担文秘、保密、信访、档案、安全、后勤、财务等工作；负责机关干部人事、机构编制、劳动工资、绩效管理等工作；负责重要会议和重大活动的组织安排；负责重要工作的督查、督办及信息反馈；负责信息化工作；负责离退休干部工作；负责机关法治综治、文明创建、双拥、结对帮扶、公共机构节能等工作；负责民营经济、工商联工作的调查研究；负责政协大会发言、集体提案、社情民意、市委民主协商会等参政议政文稿撰写有关工作；负责办理相关提案、议案等工作；负责综合性文稿起草；组织开展理论研究，收集整理工商史料；编纂年度《南通民营经济发展报告》。
（二）会员部（商会工作部） 电话：51015820
负责全市工商联组织建设、会员发展、管理和服务工作；负责全市商会组织和会员数据库建设和管理；负责做好民营经济人士的思想政治工作和代表人士的考察、推荐，协助做好代表人士政治安排及评选表彰的推荐工作；负责主席（会长）会议、常委、执委会议组织落实；负责原工商业者及遗属服务工作；负责会费收缴和管理；负责指导县（市）区工商联基层组织相关工作；负责全市工商联所属商会组织的发展、管理和服务工作，协助所属商会组织筹建申请、成立登记、变更登记、注销登记的审核，参与年度评估和检查；负责行业自律和协调发展机制的建立；引导、指导商会组织承接政府转移的职能；指导行业商会参加、主办或承办各类展览会、博览会等活动；开展"五好"工商联和"四好"商会创建工作。
（三）宣传教育部 电话：51015825
宣传党和国家的方针、政策，引导非公有制经济人士爱国、敬业、诚信、守法、贡献，做好意识形态工作；开展民营经济人士的教育培训和思想政治工作；负责民营经济人士和会员企业先进典型、先进事迹的宣传；组织开展民营经济人士思想政治引导和理想信念教育实践活动；指导民营企业文化建设；负责全市工商联系统信息工作；负责本会网站、微信公众号等自媒体的日常运营维护管理；指导《通商》杂志编辑出版。
（四）经济部 电话：51015828
负责会员企业的经济服务工作；负责与政府有关职能部门的联系、协调工作；负责建立、运作与管理经济服务平台；承接党委政府委托的经济服务事项；联系、指导基层工商联的经济服务工作；为会员企业提供政策、信息、管理等服务；组织会员企业参加展销、贸易洽谈会等经贸交流活动；组织开展招商引资、产品推介等活动；负责全国工商联民营企业科学技术进步奖、优秀科技项目和人才的申报推荐；开展和参与民营经济问题的调查研究；开展全国工商联上规模民营企业调研、民营企业履行社会责任调研和军民融合企业情况调查工作；负责扶贫开发、对口支援、光彩事业等社会公益事业工作。
（五）联络部 电话：51015829
负责异地南通商会的建立、联系和指导；负责外事、外经贸活动，组织民营企业参加境内外展览展销、经贸洽谈等活动，为本地民营企业"走出去"参与"一带一路"建设提供服务；负责编制本会年度出访安排计划；负责外事活动的报批、有关组团安排和外事纪律教育；负责办理职能范围内人员的出国（境）手续；做好与海外工商联社团、商会和工商界人士的联络、交流、合作工作；负责做好友好商会工作。
（六）法律服务部 电话：51015823
为会员提供各类政策、法律法规咨询和服务，依法维护其合法权益；开展与民营经济和工商联工作相关法律课题研究；会同相关部门开展新出台法律、法规、规章等的解读宣传及对民营经济人士法律知识的教育培训；与政府部门和社会机构建立法律服务平台，开展普法教育、民（商）事调解；参与劳动关系三方协调，推动劳动关系协调机制建设；在民营企业中推行仲裁法律制度，完善诉讼与仲裁相衔接的纠纷解决机制；协助会员企业处理经济纠纷；根据政府要求，组织对政策落地情况进行第三方评估；负责本会有关法律文书的起草、审核、解释；指导县（市）区工商联及商会组织的法律服务工作。
(七）总商会党委 电话：51015819
领导市直商会党组织和党的建设工作；指导县（市）区商会组织党建工作；负责在商会组织中贯彻执行党的路线、方针、政策，执行上级党组织决议；负责在直属商会中组建党组织；加强对直属商会党支部的领导，推进直属商会党组织规范化建设；负责直属商会党员发展、教育管理；负责指导民营企业党建工作，推动商会党建与企业党建有效融合。
（八）通商总会秘书处 电话：51015798
负责南通通商总会日常工作；宣传贯彻执行党和国家的路线、方针、政策以及市委、市政府的决策部署，引导通商回归发展，服务通商企业转型升级；开展调查研究，反映通商意见和建议，为党委、政府决策提供参考和依据；联系广大通商，吸收会员，壮大队伍，建立境内外通商、以通商为主体的社会组织联系网络和数据库；推介南通各地招商引资项目，搭建交流平台，促进南通与市外、境外的经济交流与合作；开展通商文化研究，建立各类宣传平台，大力弘扬通商精神，提升通商文化品牌；开展各类教育培训、论坛、联谊等活动，为会员发展提供咨询、信息、技术、法律、经贸等服务；组织引导会员开展社会公益活动；负责通商大会及相关系列活动的组织协调工作；制定通商总会工作计划并组织实施，负责理事会、会长办公会议决议的贯彻落实。
（九）机关党总支 电话：51015820
负责机关的党群工作。
